免疫沉淀是利用抗原和抗体之间的特异性结合，将目标蛋白从复杂的细胞提取物中沉淀下来。而免疫共沉淀则是在此基础上，通过引入第三方蛋白，进一步研究目标蛋白与其他蛋白之间的相互作用。在免疫沉淀中，抗体是关键的组成部分，必须选择针对目标蛋白的特异性抗体，以确保沉淀的准确性。而免疫共沉淀则需要选择针对第三方蛋白的抗体，以便将目标蛋白与其他蛋白一起沉淀下来。此外，免疫沉淀和免疫共沉淀在操作上也存在一些差异。免疫沉淀通常需要在细胞提取物中加入抗体，然后通过离心或沉淀的方式将目标蛋白与其他蛋白分离。而免疫共沉淀则需要将细胞提取物与抗体混合后，再加入第三方蛋白，然后通过离心或沉淀的方式将目标蛋白、第三方蛋白与其他蛋白分离。
无论是免疫沉淀还是免疫共沉淀，它们都是研究蛋白质的重要工具，为科研人员提供了强有力的手段。
                                          
        免疫沉淀是利用抗体特异性反应纯化富集目的蛋白的一种方法。抗体与细胞裂解液或表达上清中相应的蛋白结合后，再与蛋白 A/G(ProteinA/G)和二抗偶联的 agarose 或 Sepharose 珠子孵育，通过离心得到珠子-蛋白 A/G 或二抗-抗体-目的蛋白复合物，沉淀经过洗涤后，重悬于电泳上样缓冲液，煮沸 5-10min，在高温及还原剂的作用下，抗原与抗体解离，离心收集上清，上清中包括抗体、目的蛋白和少量的杂蛋白。

       免疫沉淀的成功依赖于抗原的纯度以及制备抗体的难易，主要受两方面因素的影响: 1、抗原原液的丰度，2、抗体对抗原的亲和力。
免疫共沉淀(Co-lmmunoprecipitation)是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法。是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。

      当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留了下来。当用预先固化在 argarose beads 上的蛋白质A的抗体免疫沉淀 A 蛋白，那么与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。再通过蛋白变性分离，对B蛋白进行检测，进而证明两者间的相互作用。
这种方法得到的目的蛋白是在细胞内与兴趣蛋白天然结合的，符合体内实际情况，得到的结果可信度高。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合;也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。
Co-IP 和 IP 区别:
Co-IP:研究的是体内自然状态下的蛋白质互相作用，不能显示蛋白质之间的相互作用是直接还是间接的。
IP:根据抗原和抗体的特异性结合，利用抗体将靶标蛋白分离或纯化，检测某一种蛋白的表达情况。 传统 IP 和 Co-IP 基本步骤:
1.添加合适的抗体。
2.抗体与目标蛋白结合。
3.添加 Protein A/G 使抗体-蛋白质复合物不溶。
4.溶液离心分离抗体-蛋白质复合物。
5.去除上清液并洗涤。

升级之后的 IP 和 Co-IP 基本步骤:

1.添加合适的抗体偶联物。
2.抗体与目标蛋白结合。
3.溶液离心分离抗体-蛋白质复合物。
4.去除上清液并洗涤。