细菌彼此之间以及细菌对宿主组织结构的关系

      研究小组给无菌小鼠引入15种不同细菌，创建人工模拟肠道菌群。虽然它们只是人类全套微生物菌群的一小部分，但这个简化的微生物群落为探索它们的聚集方式提供了一个窗口。

我们用彩色探针标记不同细菌，以便确定细菌彼此之间以及细菌对宿主组织结构的喜好关系。

基于肠道菌群和口腔微生物（特指牙斑形成）的前期研究，研究人员原本期望看到比较显著的菌落结构。

我们在口腔中观察到了高度结构化的微生物群落，它们就像多细胞器官一样。它们由不同类型的细菌细胞以高度结构化的方式组合而成，就像人体器官一般。

然而，在肠道中研究人员观察到了一团极度混合的微生物，但并非完全同质的混合物。可看作一个生物反应器，细菌被搅拌得到处都是，混合得相当均匀。

     即使这是一个缺乏组织化的“肠道菌群”结构，研究人员仍然发现了一些“微小”的受细菌喜爱的栖息地——包括肠内壁组织衬里（被粘液包裹的上皮细胞），中央空间（富含食物和粘液的腔）。这些地点的微生物种群与整体组成有所不同，即不同细菌的相对比例可能会发生波动。但是，总的来说这些地方的细菌分布并没有明显差异。研究人员未发现某个物种只特异性地聚集在某个空间内。